Gagnasöfnun er ein af grunnstoðum allrar hagskýrslugerðar og voru 45 gagnasafnanir í gangi hjá Hagstofunni á árinu 2019. Með það fyrir augum að draga úr svarbyrði einstaklinga og fyrirtækja leggur Hagstofan áherslu á að notast við stjórnsýsluskrár til þess að afla gagna þar sem það er hægt. Stofnunin stendur enn fremur fyrir eigin gagnasöfnun á meðal einstaklinga, stofnana og fyrirtækja í þeim tilgangi að geta staðið við alþjóðlegar skuldbindingar um hagskýrslugerð.
Hagstofan stendur að umfangsmiklum úrtaksrannsóknum ár hvert. Þannig fer vinnumarkaðsrannsókn fram allt árið sem og rannsókn á útgjöldum heimilanna. Í vinnumarkaðsrannsókn eru einstaklingar spurðir um stöðu sína á vinnumarkaði og eru svörin lögð til grundvallar hagskýrslugerð um vinnumarkaðsmál.
Í rannsókn á útgjöldum heimilanna veita einstaklingar nákvæmar upplýsingar um útgjöld heimilisins og liggja niðurstöður rannsóknarinnar til grundvallar vísitölu neysluverðs. Ennfremur rannsakar Hagstofan lífskjör í landinu árlega, en með lífskjararannsókn fást meðal annars mikilvægar upplýsingar um tekjudreifingu.
Hagstofan gerði á árinu samevrópska rannsókn á notkun einstaklinga og heimila á tækjabúnaði og neti og samevrópska rannsókn á heilsufari landsmanna. Heildarfjöldi þátttakenda í úrtaksrannsóknum um hagi einstaklinga og heimila var tæplega 30 þúsund á árinu eða um 10% landsmanna 16 ára og eldri. Svörun í þessum rannsóknum var að jafnaði um 61%.
Fjórar útaksrannsóknir meðal fyrirtækja voru gerðar á árinu; rannsókn á nýsköpunarstarfsemi, rannsókn á upplýsingatækninotkun, rannsókn á lausum störfum og rannsókn á þjónustuviðskiptum lítilla og meðalstórra fyrirtækja.
Hagstofan stendur einnig að víðtækri gagnasöfnun á meðal fyrirtækja, annarra rekstraraðila og sveitarfélaga. Þar á meðal er söfnun gagna fyrir launarannsókn, söfnun gagna í upplýsingaveitu sveitarfélaga, söfnun upplýsinga um gistinætur, söfnun vegna þjónustuviðskipta við útlönd, söfnun vegna vísitölu neysluverðs og byggingarkostnaðar, söfnun ýmissa gagna fyrir þjóðhagsreikninga og um starfsemi skóla, mennta- og menningarstofnana.